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작성일 19-07-11 10:48
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어떠한 Protein의 기능에 대한 충분한 이해를 위해서는, RBPs의 RNA targets를 감별하는 것뿐만 아니라, protein-RNA 상호작용의 위치에 대한 정보도 필요하다.
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설명
다. RBPs가 각각의 RNAs와 상호작용하는 방법에 마주향하여 는 잘 연구되어 있으나, 그것들의 RNA targets의 full spectrum에 마주향하여 는 미비하다.
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cip관련 레포트입니다. 특정한 protein에 crosslinked된 RNA를 purify하기 위해 immunoprecipitation 와 SDS PAGE(SDS-polyacrylamide gel electrophoresis)1)를 도입한 이 method는, proteinase digestion과 RNA adapter ligation을 이용한 amplification에 의한 RNA의 분리를 통해 small interfering RNAs의 복제를 위해 처음 되었는데, 이를 UV cross-linking and immunoprecipitation (CLIP)라고 한다.경영경제레포트 , cip관련 레포트입니다
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Cross-Linking followed by ImmunoPrecipitation(CLIP) assay
CLIP의 도입
RNA-binding proteins (RBPs)는 각각의 protein이 수백의 다른 RNA target들과 상호작용하며, 유전자 발현의 모든 단계에서 중요한 역할을 수행한다.
UV cross-linking은 Immunoprecipitation과 protein-RNA 복합체에 대한 SDS -PAGE analysis와 함께, 포유류의 unfolded protein response에서의 IRE1-RNA complex의 변화 대한 연구에 처음 이용되었다.
CLIP assay의 과정은 아래와 같이 요약된다된다. 이 연구에 따르면, end-labelling with T4 poly-nucleotide kinase(PNK)으로 나타난 IRE1에 연관된 RNA의 양은, stressed cells로부터 고립된 IRE1-containing complexes에서 훨씬 많았다..hwp( 92 )
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